• 动植物基因组从头测序

    本文来源于:博看文思研发部 2015年06月24日 06:06:11

            简介:

        基因组从头测序也叫de novo测序,主要针对基因组序列未知的物种,构建不同类型的基因组DNA文库,并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对测序得到的序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列信息。

             一、技术路线

        动植物基因组从头测序的主要策略:1、对短片段Shotgun文库(300-1000 bp)进行深度测序,确保序列覆盖度和测序准确性,获得基因组基本序列信息;2、构建较长插入片度的Mate pair文库(2 kb、5 kb、8 kb、10 kb、20 kb)并测序,确定短片段序列间的相对位置,通过拼接组装获得基因组序列框架,在此基础上通过生物信息学方法进行基因注释和分析。

            二、生物信息分析

            1.原始数据整理、过滤及质量评估
            2. 基因组序列拼装与分析:

                ?基因组序列拼装

                ?基因组拼装效果评估 (Contig N50、Scaffold N50、基因组大小和GC含量 )

            3. 功能元件分析:

                 ?蛋白编码基因预测

                 ?非编码RNA预测

                 ?蛋白编码基因的功能注释

                 ?蛋白编码基因的KOG和GO注释

                 ?蛋白编码基因的代谢途径注释(KEGG pathway)

            4.根据客户要求进行个性化分析

            三、结果展示

            四、样品要求

        1、DNA样品:Miseq DNA PE文库浓度≥20ng/μl,总量≥6μg(荧光定量);Miseq DNA MP文库浓度≥40 ng/μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/μl,总量≥3 μg(荧光定量),电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留,对打断DNA样品带来非常大的困难,且很难去除,因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。

        2、动物样品:对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样,对于珍贵物种请提供耳样、毛发(带毛根)等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响,尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小,从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需,在保证量的前提下,应尽量减少采样个体的数量。提供组织样品应>500 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

        3、植物样品:植物材料应尽量选取植物组织幼嫩部位。提供组织样品应>500 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

            五、派森诺优势

        1. 利用Illumina MeSeq平台的长读长优势和Illumina HiSeq2000的高通量优势,能获得高质量的基因组图谱。

        2. 已完成多项大型动植物基因组测序项目,有丰富的基因组测序及分析经验。

        3. 可根据实际需求个性化定制基因组测序方案。



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